De las 710.000 has. que comprende este parque, 55700 estan cubiertas por las aguas del Nahuel Huapi, el mas grande de una serie de lagos conectados entre si que, a traves del ri Limay, vierten sus aguas al oceano Atlantico. Partiendo desde los puertos San Carlos o Pañuelo, al arribar a puerto Anchorena en la isla Victoria, se puede recorrer un sector del bosque nativo con ejemplares de coihues y Ñires. Otra posibilidad es visitar el ex vivero forestal que continene ejemplares de especies provenientes de otros lugares que fueron plantadas a principios del siglo pasado.
Al desembarcar en el sur de la Pennsula Quetrihue se ingresa al Parque Nacional Los Arrayanes. El motivo de su creacion, en 1974, fue conservar un bosque denso y casi puro de Arrayn. Los ejemplares de este arbol inconfundible por su lisa corteza color canela pueden alcanzar los 15 m de altura.
Puerto Blest, ubicado en una baiha de arena volcanica, es el acceso a uno de los lugares mas lluviosos del pais. La formacion vegetal predominante es la selva siempre verde con arboles de gran tamaño como el coihue y el alerce.